Naselje Podmilačje nalazi se ispod masivne stijene, na kojoj je, prema pretpostavkama, postojala srednovjekovna kula,gdje su stražarili vojnici Hrvoja Vukčića, branivši prilaze gradu (Kovačić, 1930, str. 8). Nije poznato po čemu je naselje dobilo ime – da li prema stijeni koja svojim izgledom podsjeća na građevinu, ili prema tome što je iz te stijene nekada korišten kamen prilikom gradnji prvenstveno stambenih objekata.

Prvi put Podmilačje se spominje 1461. godine u povelji kralja Stjepana Tomaševića koji poklanja ove prostore knezu Radivoju. U isto je vrijeme vjerojatno sagrađena i Crkvica sv. Ive (Kovačić, 1930, str. 12-13.). U Podmilačju sve do XIX stoljeća nije postojala župa u današnjem smislu te riječi. Crkva sa okolnim naseljima pripadale su Jajačkoj župi, koja je opet pripadala fojničkom samostanu od 8. Juna 1757. godine, kada se na kratko vrijeme ukida bosanska provincija, te se u Bosni uspostavlja Kustodija sv. Križan koja broji tri samostana, šest rezidencija i oko 150 braće. Među tih šest rezidencija nalazi se i Crkva sv. Ivana Krstitelja u Jajcu (Jelenić,1913. str. 28 – 29.).

Inače crkva za vrijeme vlasti Otomanske Imperije U Bosni i Hercegovini nije bila uništena niti oštećena. Koncem XIX stoljeća, točnije 1878. godine Podmilačka župa se odvaja od Jajačke. Vrijeme nastanka Crkve sv. Ive u Podmilačju nije u potpunosti definirano. Do danas nije pronađen niti jedan dokument po kome bi bilo utvrđeno točno vrijeme njenog nastanka. Jedna je od najstarijih pet crkava u Bosni: u Kraljevoj Sutjesci, Fojnici, Kreševu, Varešu i Podmilačju. (Jelenić, 1990., 106)

Prema Đuri Basleru , odnosno Juraju Kujundžiću, crkva je sagrađena u XV stoljeću. Na temelju stilskih karakteristika portala, njeno vrijeme gradnje može se još preciznije datirati u sredinu XV stoljeća. Zanimljivost ove crkve predstavljalo je miješanje dva utjecaja, i to centralno-evropskog, zastupljenog na samom izgledu građevine, odnosno njenim fasadama, i primorskog, koji se ogledao na portalu crkve, gdje su uočljivi izrazito mediteranski utjecaji. Na temelju njegovog izgleda, odnosno dekorativnih elemenata, kao i načina obrade kamena, može se sa sigurnošću zaključiti da je proizvod kasnogotičke dalmatinske radionice.

Višekutno svetište i toranj koji je izrastao iz pročelja objekta neke su od glavnih karakteristika seoskih crkava kontinentalnog dijela Evrope. I taj element se može smjestiti u XV stoljeće. Poligonalnost umjesto zakrivljenosti primjetna je u to vrijeme i kod kula nekih bosanskih gradova, što pokazuje da takav način gradnje postaje uobičajen u Bosni.

Bogato ukrašen portal - djelo dalmatinskih klesara, smješten na skromnom objektu crkve, nastao je kao rezultat prisne veze koju je Bosna imala u to vrijeme sa Dalmacijom, a posebno veze Jajca sa Splitom. Poznato je da je Martin Perković iz Jajca stupio 1431. godine u radionicu slikara Blaža na Korčuli. Martin radi 1438. godine samostalno na oslikavanju korskih sjedala u franjevačkoj crkvi u Splitu, gdje je u to vrijeme bio stalno nastanjen. Drugi majstor, Juraj Gradimilović, rođen u mjestu  Vesela Straža pokraj Bugojna, uči od 1455.do1461. godine umjetničko klesarstvo kod poznatog majstora Andrije Alešija. Vjerojatno je radionica majstora Alešija radila veliku kasnogotičku palaču u jajačkom kastelu sredinom XV stoljeća, a čiji su dijelovi pronađeni u nasipima tabija. Već u to vrijeme Podmilačje je poznato i kao mjesto hodočašća (Kujundžić, 1966., 370).

Julijan Jelenić u djelu «Kultura i bosanski Franjevci» navodi da je kršćanima strogo zabranjeno držati zborove na onome mjestu gdje se sveta misa govorila. Prema obnovljenoj naredbi definitorija Bosne Srebrene iz 1793. godine i «Naredaba i uprava» Miletića – « župnicima i duhovnim pomoćnicima nije bilo dozvoljeno mise govoriti, ako su bili franjevci, bez redovničkoga habita, kapuča i pojasa... Budući da u Bosni crkava nije bilo do: u Kr.Sutjesci, Fojnici, Kreševu, Varešu i Podmilačju, to je sva sila svijeta sa svih strana, na sve svetkovine u sve nedjelje, a osobito na zaštitnike spomenutih crkava k njima hrlila.» (Jelenić, 1990.,93). U istom djelu Jelenić navodi da je fra Grgo Kotromanović (umro 1864. godine) izradio više propela, kip sv. Ive Krstitelja za crkvu u Podmilačju, te kip sv. Franje za crkvu u Gučoj Gori. Fra Nikola Lašvanin, poznat po izučavanju povijesti, pokopan je u Podmilačju u Crkvi sv.

Ive Krstitelja 1750. godine - Nekrologij fojničkih franjevaca. Prema Shematizmu Bosne Srebrene od 1877. godine, Podmilačje je imalo osnovnu školu, a imenuje se i nadzornik fra Anto Knežević. Izgrađena je i župna kuća 1873. godine (Jelenić, 1990., 233, 336, 578, 600).

O sudbini crkve tijekom stoljeća malo je poznato u pisanim izvorima. Godine 1705. izvršen je veći popravak, zatim je 1758. godine postavljen novi krov. Još jedan veći popravak bio je 1822. godine, a 1872. godine je temeljito pregrađen toranj, koji je sadržavao elemente gotičke gradnje. Najveći zahvat desio se u augustu 1910. godine i narednih godina kada su porušeni toranj i pročelje, a staro svetišteuklopljeno kao kapela u ambicioznu pseudogotičku crkvu.

Godine 1960. napravljen je u novoj crkvi novi oltar u crno-bijelom kamenu, stube ispred oltara su obložene bijelim bračkim kamenom, a prostor prezbiterija je bio obložen brušenim pločama. Također su postavljeni novi prozori sa ornament-staklom i mramorni kipovi sv. Petra i Pavla. U junu mjesecu 1970. godine na crkvi je promijenjen krov, postavljen je limeni krovni pokrivač. Godine 1974. počelo je uređenje enterijera na temelju projekta urađenog od strane Mandice Lovrić, arhitektice, i akademskog kipara Zdenka Grgića. On je u orahovini izradio medaljon «Povijest Bosne», a sljedeće godine mozaik «Dolazak franjevaca u Bosnu». Požarom u župnom dvoru 1916. godine uništen je znatan kulturno-povijesni materijal, koji se u njemu nalazio. Crkva sv. Ive u Podmilačju bila je jedina srednjovjekovna crkva koja je u kontinuitetu služila svojoj namjeni. Do početka rata sačuvano je malo dokumentacije o ranijem izgledu crkve – poput fotografije iz 1935. godine iz Conspectusa Provincije, gdje je prikazan objekt sa pročeljem i tornjem. Sačuvana je i osnova ranijeg stanja, a u dvorištu samostana u Jajcu nalazio se luk portala koji je nakon rušenja objekta tamo prebačen. Luk je rekonstrukcijom iz 2000. godine ponovno vraćen na staro mjesto.

Crkva sv. Ive u Podmilačju do temelja je srušena 1. marta 1993. godine. Istovremeno je srušeno cijelo svetište: župne kuće, te vanjski oltar. Područje Crkve sv. Ive u Podmilačju predstavlja prostor hodočašća za katolike, ali u hodočašću tradicionalno učestvuju i muslimani i pravoslavci iz čitave Bosne i Hercegovine. Jednom godišnje, uoči Dana sv. Ive – 24. juna, mnoštvo ljudi posjećuje ovo mjesto. U narodu postoji vjerovanje u njegovu ljekovitost, odnosno u izlječivost teško oboljelih osoba – hroničnih i duševnih bolesnika. Po istom vjerovanju  hodočašće treba obaviti dva-tri puta, jer ukoliko se stanje ne popravi ni nakon trećeg puta, ozdravljenje nije moguće. Mnoštvo ljudi dolazi na ovo mjesto i radi zavjeta, ali je najveći broj onih koji dolaze da izmole i nađu lijek svojoj bolesti. Kako je ovo kultno i zavjetno proštenište multikonfesionalno, uoči Sv. Ive, ono oživi i postane mali bosanski Lurd. Poseban efekt daju oni ljudi obučeni u tradicionalne narodne nošnje, po kojima se razlikuju pripadnici različitih konfesija i nacija, pristigli iz najudaljenijih krajeva Bosne i Hercegovine (Fabijanić, 2002., str. 169,170). Već 23. juna prostor oko crkvice se napuni radi ispovjedanja. Zbog malog prostora unutar objekta, ispovjedanje se obavlja i vani, uz pomoć svećenika pristiglih iz cijele Bosne i Hercegovine. Sutradan u 9 sati se održava velika misa za bolesne koja predstavlja centralni i najvažniji dio obreda. Sastavni dio obreda je i umivanje u ranu zoru na vrelu zvanom Mrtvalj, koje se u narodu zove i Gospino vrilo, a koje se smatra ljekovitim i čudotvornim. Nakon toga hodočasnici po okolnim brdima beru ljekovitu biljku ivu (Teucrium montanium L.) koja je glavni sastojak mnogih preparata narodne medicine. Nakon toga se hodočašće završava.

Kult sv. Ive u vezi sa ozdravljenjem posebno «opsjednutih» bolesnika rasprostranjen je po cijeloj Bosni i Hercegovini. Održava se paralelno sa sličnim kultovima kao što su kult Gospe Olovske – 15. augusta, te kod pravoslavaca kult sv. Vasilija Ostroškog – 12. maja i kult Bogorodice Čajničke – 28. augusta. Bez obzira kada je nastala Crkva sv. Ive, može se pretpostaviti da je ovaj kult stariji od kršćanstva, koje mu je kasnije dalo svoje obilježlje. Pretpostavka je da se u Podmilačju nalazilo predkršćansko kultno mjesto, jer je sastavni dio rituala bilo i kupanje, koje se kasnije reduciralo samo na umivanje na izvoru Mrtvalj. Praksa ritualnog kupanja svakako upućuje na antičko vrijeme i antičku praksu. Osim toga mnoge kršćanske crkve podizane su na mjestima pretkršćanskih svetišta ili pak u njihovoj blizini (Fabijanić, 2002., str. 173,174).

Izvor: Odluka o proglašenju graditeljske cjeline Crkve sv. Ive u Podmilačju nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine.